Về Thuế quan, cơ chế kiểm định hải quan của Nhật rất chặt chẽ, sản phẩm được kiểm tra chất lượng trước khi nhập khẩu, đảm bảo an toàn y tế cho người dân. Nhật Bản đã áp dụng biện pháp khuyến khích và ưu đãi cho các nhà xuất khẩu như: miễn giảm thế cho các công ty xuất nhập khẩu; thông qua các ngân hàng phát triển của Nhật Bản và ngân hàng xuất nhập khẩu. Nhật Bản đã có đạo luật rõ ràng về việc áp dụng quy chế thuế quan đặc biệt để bảo vệ lợi ích của các ngành sản xuất nội địa mỗi khi có thiệt hại thật sự do việc bán phá giá, trợ cấp xuất khẩu của nước ngoài. Theo hiệp hội thuế quan Nhật Bản, biểu thuế áp dụng cho các mặt hàng nhập khẩu vào Nhật Bản là một trong số những biểu thuế thấp nhất trên thế giới. Tuy nhiên, trong thương mại, Nhật bản bị kêu ca vì thực hiện các chính sách thuế quan nhằm hạn chế và bảo hộ trong nước làm giảm sức mua của người Nhật Bản. Một số mặt hàng như đồ da và các sản phẩm nông nghiệp vẫn chịu thuế suất cao. Bên cạnh đó, thuế đánh vào các sản phẩm gia công cũng còn tương đối cao. Hiện nay, thuế suất áp dụng đối với các mặt hàng nông nghiệp đang giảm dần. Các mặt hàng như ô tô, phụ kiện, phần mềm, máy vi tính, máy công nghiệp có thuế suất là 0%. Thị trường Nhật Bản có một số điểm khác biệt mang tính đặc trưng so với thị trường khác.
Đó là tại Nhật Bản, chất lượng được quan tâm hàng đầu chứ không phải giá cả như thông thường trong ngoại thương. Sự tràn ngập của hàng Nhật trên thị trường các nước khác chủ yếu là do các sản phẩm này có chất lượng cao. Hàng hoá nước ngoài muốn vào thị trường Nhật Bản trước tiên phải đáp ứng được những tiêu chuẩn chất lượng hàng. Hàng rào mang tính kỹ thuật của Nhật Bản luôn luôn hạn chế quy mô nhập khẩu. Một khiếm khuyết nữa trong những biện pháp phi thuế quan của Nhật Bản đó là chưa kịp thời chấn chỉnh thông tin, thậm chí cung cấp những tin sai đối với người tiêu dùng về vấn đề an toàn thực phẩm trên báo chí. Ngoài các biện pháp mang tính hành chính – kỹ thuật hạn chế nhập khẩu, hình thức tổ chức sản xuất, lưu thông, phân phối ở Nhật Bản cũng có ảnh hưởng nhất định đến tự do ngoại thương. Như vậy, bên cạnh những thành tựu đạt được, Nhật Bản vẫn còn những hạn chế trong chính sách bảo hộ mậu dịch như đã chỉ ra.