Sự hình thành của VHDN Nhật Bản có thể coi bắt đầu manh nha từ thời kỳ Tokugawa6, trước thời kỳ này Nhật Bản là một dân tộc hòa bình thịnh vượng nhưng lại không có công nghiệp, những xí nghiệp kỹ thuật cao mà chỉ có những vũ khí tự vệ thô sơ nhất. Dưới sự lãnh đạo của Tokugawa Ieyasu đất nước đã có nhiều biến đổi. Thời kỳ này có sự phân biệt đẳng cấp khắt khe, tầng lớp cao nhất của xã hội là các Shogun (tướng quân), bên dưới các Shogun và gia đình hoàng đế là các Samurai (võ sĩ) hoặc Warrior (chiến binh) – họ là những người có lợi nhất trong giáo dục, địa vị chính trị. Dưới tầng lớp Samurai là những nông dân, người làm ra của cải và đóng góp phần lớn thuế cho xã hội. Nối tiếp bậc thang đẳng cấp là nghệ sĩ và thợ thủ công, tầng lớp cuối cùng là thương nhân – cái đáy của nấc thang xã hội. Tuy nhiên thời kỳ này, những chuyên gia buôn bán đã phát triển xã hội riêng của họ, việc xây dựng "Bộ luật hướng dẫn và hỗ trợ các tổ chức tài chính" đã có một vai trò quan trọng trong thế kỷ XIX, nâng cao quyền lực thương nhân, cải tiến địa vị của họ. Đứng trước sự lấn át địa vị truyền thống ưu thế, các Shogun và Samurai đã theo khẩu hiệu thực dụng, hòa nhập với thương nhân, tạo nên sự gắn bó trong xã hội, điều vẫn còn tồn tại tới ngày nay về mặt ý thức thực sự chứ không phải là hình thức. Xem xét về VHDN Nhật Bản, thực tế là có mối liên hệ chặt chẽ với quá khứ, nhưng hầu như những nét đặc trưng cơ bản đều mang dấu ấn của thời kỳ sau chiến tranh thế giới thứ hai.
VHDN Nhật Bản ngày nay phản ánh tính truyền thống nhưng đồng thời cũng cho thấy tính hiện đại ở mọi khía cạnh, phản ánh hoàn cảnh, những sự kiện đáng nhớ đã biến Nhật Bản từ chỗ khiêm nhường của một quốc gia bại trận sang niềm kiêu hãnh dân tộc của sự thần kỳ về kinh tế, điều đã khiến cả thế giới nể phục Nhật Bản. Khi chúng ta quan sát mô hình quản lý doanh nghiệp Nhật Bản có thể dễ dàng nhận thấy một điều: một mặt, người Nhật tiếp thu cách quản lý doanh nghiệp và kỹ thuật tiên tiến của Mỹ nhưng mặt khác, các doanh nghiệp Nhật đã chú trọng thích đáng đến việc xây dựng VHDN, làm cho bản sắc văn hóa dân tộc hòa quyện trong VHDN. VHDN vốn xuất phát từ Mỹ, tuy nhiên trong khi tiếp thu ở quy mô lớn hệ thống lý luận quản lý tiên tiến của Mỹ và châu Âu, Nhật Bản đã biết gạt bỏ chủ nghĩa cá nhân và chủ nghĩa tự do vốn là cơ sở của lý luận quản lý Âu, Mỹ để giữ lại văn hóa quản lý kiểu gia tộc, loại bỏ những nét văn hóa xung đột với văn hóa truyền thống. Vì chủ nghĩa tự do và chủ nghĩa cá nhân xung đột với văn hóa truyền thống của Nhật Bản. Với sự lựa chọn khôn ngoan đó, các doanh nghiệp Nhật Bản đã làm cho VHDN hòa nhập với bản sắc văn hóa dân tộc, sáng tạo ra VHDN độc đáo kiểu Nhật Bản.